云南虫(Yunnanozoon)属于脊索动物门（也有人认为其属于半索动物门），是迄今为止发现的脊椎动物的最原始类群。云南虫生活在约5.3亿年前寒武纪前期的浅海中。1991年被侯先光发现于中国云南澄江县帽天山，并命名为云南虫。是澄江生物群中最重要的发现之一。

云南虫图册

云南虫的消化器官包括口，咽喉，中肠和后肠等部分。口位于漏斗状前器之后端，咽喉位于鳃腔的后部；咽喉之前长有两对以上的齿状构造，这可能也属于消化器的一部分，后肠螺旋状，位于脊索的腹面。

云南虫的背部由22—24个骨骼化的肌节组成，肌节被近似平直的肌隔分开。云南虫的体内有一条贯穿前后的软管，作为肌肉的附着点。它的体内还有一对很小的侧折，后来演化成了哺乳类的四肢。云南虫身体的前端还有一个吸盘，它通过吸盘附在别的生物上来稳定自己的身形。

云南虫的鳃腔较大且很发达，发育有7对鳃弓和一中柱，鳃腔末端具一围鳃孔。鳃腔中发育了矿化的咽齿集合体构造，这些咽齿均呈很小而略弯的单锥形，长度最大的将近1毫米。云南虫也长有鳃丝，但其长度大大短于海口虫，而约等于鳃弓的宽度，向端部明显变尖。从保存上看，这些鳃丝很可能是指向鳃腔的，从而能更好地进行滤食行为。

但是在1992年，舒德干等人却认为云南虫是更原始的半索动物。以下是他的文章原文：

Yunnanozoans（云南虫类 ） are a distinctive clade of Lower Cambrian metazoans. Although widely accepted as deuterostomes, their exact placement within this super phylum is controversial. Here we describe a new species of Haikouella

云南虫

这次研究的另一个重要新发现是，云南虫的7对咽弓在腹背两端被成对的水平软骨连接，组成了一个类似于篮状的咽颅（咽颅是指脊椎动物头部消化道周围的一组骨片，起到支撑和保护作用，现生脊椎动物的咽颅由颌弓、舌弓和鳃弓等咽弓的骨骼构成）。篮状咽颅是现生无颌类脊椎动物和化石无颌类真显鱼（Euphanerops）的典型特征，然而寒武纪后斯普里格鱼和有颌类脊椎动物的咽颅是由一系列彼此分离的软骨棒组成。后斯普里格鱼的这种咽颅特征引起了关于脊椎动物祖先咽颅形态的争议。出现更早、位于脊椎动物最基干位置的云南虫咽颅特征支持了篮状咽颅是更古老的祖先特征。

由此可见，作为现生脊椎动物最古老的近亲，云南虫为揭示脊椎动物的起源和早期演化提供了关键证据，对脊椎动物颌和其他关键特征演化的探索均将产生深远的影响。

2022年7月8日，《科学》杂志发表研究称，中科院南京地质古生物研究所研究员朱茂炎和南京大学教授姜宝玉合作的团队确认，距今约5.18亿年前的云南虫，其咽弓具有脊椎动物独有的细胞软骨结构，是脊椎动物的最原始类群。云南虫身体侧扁，一般只有3至4厘米长，形状上类似今天的蠕虫。

2023年7月28日凌晨，国际期刊《科学》杂志刊发中国西北大学古生物研究团队和中国地质大学（北京）、玉溪师范学院联合研究的专题学术评论《对“云南虫的超微构造揭示出其祖先脊椎动物咽骨”的评述》。该文对《科学》2022年7月曾发表论文的核心观点“云南虫是脊椎动物干群或原始脊椎动物”进行了剖析和否定。其“评述”还指出，利用贝叶斯谱系分析云南虫得出“脊椎动物干群”结论的特征矩阵明显存在诸多关键偏差。得出的修正结果是“云南虫在后口动物亚界谱系树中的位置低于低等脊索动物，与脊椎动物无关”。