亚单位是指某个整体中的一部分，而同时又是构成该整体的重要组成，这些部分不能直接控制，需要主体去间接控制，这样的主体组成部分，称之为亚单位（或亚基，subunit），多用于蛋白结构分析和应用。

例如核糖体亚单位是核糖体由大、小两个亚单位组成。由于沉降系数不同，核糖体又分为70S型和80S型。70S型核糖体主要存在于原核细胞及叶绿体、线粒体基质中，其小亚单位为30S，大亚单位为50S；80S型核糖体主要存在于真核细胞质中，其小亚单位为40S，大亚单位60S 。

70S核糖体亚单位与mRNA、tRNA复合物晶体结构，在存在与不存在paromomycin两种状态下达到3.1-3.3埃的分辨率。tRNA的结合诱导了30S亚单位整个结构域的运动和保守的构型的变化，特别是A1492、A1493和16SRNAG530。这些碱基与密码子-反密码子前两个碱基对小沟紧密的相互作用。因此通过识别碱基配对规则而区分相近的兼并tRNA。至于第三个位点，即摆动位，能够自由的适应这种非经典的碱基配对。paromomycin通过部分诱导这些结构的改变来促进相近的兼并tRNA的结合。

核糖体蛋白制备多克隆抗体，对分离的大鼠肝核糖体亚单位进行了夹心法负染色的电镜研究。结果显示在大鼠肝核糖体的小亚单位表面有七种核糖体蛋白，其中三种（S13/16、S19、S24）为首次报道。七种蛋白中有六种位于40S核糖体亚单位的外表面，只有一种（S24）见于内表面。综合前人的研究结果，现已在40S核糖体表面定位

【DOI】：cnki:ISSN:1671-0770.0.1990-02-088

G.Lutsehetal本文用核糟体蛋白制备多克隆抗体，其中三种（513/16、519、524）为首次报道。七种蛋白中有六种位于405核糖体亚单位的外表面。

以已克隆测序的家蚕微孢子虫（镇江株，Nosemabombycis）的核糖体小亚单位RNA（SSUrRNA）编码基因（1205bp）为模板，用随机引物合成法标记的探针，在与9种微孢子虫及家蚕基因组DNA的6种限制性内切酶的酶切产物Southern杂交图谱中。

其他蛋白亚单位（亚基）

许多具有复杂功能的蛋白均为不同亚基组合而成的复合体，详情参见有关蛋白结构书籍 。